Základy modelování buněčných systémů (ZMB)
Kredity: | 5 ( Přednášky: 2, Cvičení: 2) |
---|---|
Semestr: | ZS/LS |
Zakončení: | zp |
Garant: | Georgiev Daniel |
Přednášející: | Georgiev Daniel |
Cvičící: | Georgiev Daniel |
Anotace
Předmět má tři hlavní cíle: 1. Seznámit studenty se základními buněčnými složkami a s jejich funkcemi, např. se strukturou DNA, RNA a strukturou proteinů a uvést jejich propojení v centrálním dogmatu molekulární biologie. 2. Zavést standardní kvantitativní modely biologických systémů i vazby na základní principy. 3. Uvést příslušné analýzy a identifikační metody a seznámit studenty s jejich praktickou hodnotou.
Přehled látky
Biologie (4 přednášky): Úvod, centrální dogma molekulární biologie, regulační mechanismy a transdukce signálů, a další mechanismy
Modeling (5 přednášek): Fundamentální stochastický model, deterministický model chemických reakčních sítí, další deterministické modely, analýza modelů, běžné motivy.
Identifikace (3 přednášky): Identifikační přístup, identifikace struktůry, identifikace kinetiky.
Požadavky
Studenti jsou ohodnoceni zápočtem. K jeho získání, se studenti musí aktivně zúčastnit přednášek a prezentovat vybraný buněčný subsystem a jeho model.
Literatura
- Doporučená: Gerald Karp. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. Wiley, 2007. ISBN 978-0-470-04217-5.
- Doporučená: Zoltan Szallasi, Jorg Stelling, and Vipul Periwal. System Modeling in Cellular BIology: From concepts to nuts and bolts. The MIT Press, 2006. ISBN 0-262-19548-8.